Előzetes jelleggel feltárhatók voltak a végleges elhelyezés kapcsán figyelembe vehető legfontosabb jellemzők, folyamatok, és ezek alapján kidolgozásra került a BAF-ban tervezett végleges elhelyezés védelmi koncepciójának kiinduló változata is.

Az 1996. évi CXVI. törvény (az új Atomtörvény), valamint az annak végrehajtására kiadott jogszabályok megnyugtató módon rendezték a kutatások szervezeti, finanszírozási, szakmai és ellenőrzési kereteit. 1998. júliusától az akkor megalapított Radioaktív Hulladékokat Kezelő Közhasznú Társaság (a továbbiakban: RHK Kht.; illetve jelenlegi cégformája szerint RHK Kft.) felelősségi körébe tartozik a radioaktív hulladékok kezelésével és végleges elhelyezésének előkészítésével kapcsolatban felmerülő kérdések megoldása. Ebben az új rendszerben a MECSEKÉRC Rt. – az RHK Kht. megbízása alapján – továbbra is az egyes kutatási programfázisok fővállalkozójaként, illetve szakmai koordinátorszervezeteként működött.

2003. év folyamán újraindulhatott a BAF kutatási programja. amely a 2003. és 2008. közötti időszakban végzendő munkálatok (az ún. Középtávú Program) kereteit és szakmai feladatait rögzíti. A Középtávú Programban két, önállóan engedélyezendő, szakmailag egymásra épülő kutatási fázist kell végrehajtani. Az első fázis legfontosabb feladata – a BAF és a földtani környezet általános minősítő vizsgálatainak folytatása mellett – az, hogy kijelölje és rangsorolja azokat a térrészeket, amelyek figyelembe vehetők majd egy új föld alatti kutatólaboratórium, illetve az esetleges majdani tároló létesítmény telepítésére. A második fázisban kell elvégezni az első fázis során kiválasztott telephely részletes vizsgálatait, valamint a szükséges engedélyek beszerzésével kell megalapozni a föld alatti kutatólaboratórium építését.